胚胎保存的流程是将被放入含有特殊保护剂的保存液中,以减轻保存过程对胚胎的损伤。目前采用先进的保存技术,如玻璃化保存法,将胚胎迅速冷却至零下196℃的液氮中保存。在需要时,将保存的胚胎从液氮中取出,经过快速复苏后,移植到患者子宫内。理论上,胚胎只要保存起来,不管保存多长时间效果都是一样的。保存的胚胎复苏后只要胚胎成活,那么对于胚胎质量是没有太大影响的。

在试管婴儿过程中往往会取多个卵子,与精子受精形成多个胚胎,医生会选择1-2个胚胎进行移植,多余的胚胎会保存起来以备以后使用。而胚胎保存过程并不会导致胚胎质量降低。
胚胎保存技术经过多年的发展和改进,已经非常成熟和安全。目前有报道的保存最长期限为20年,而胚胎在液氮中保存时长短于6年不会对胚胎的复苏以及发育潜能产生非常显著的不良影响。