有些试管婴儿鲜为人知，但会出现一些并发症。
1.卵巢过度刺激综合征(OHSS)
由于多个卵泡的生长，体内的一些因素发生了变化，导致血管中的液体漏入腹腔，甚至胸腔，导致胸腹水。发生率约为10%。大多数人症状较轻，表现为腹胀、腹部不适、轻度恶心，不能治疗；但少数人会出现严重的腹胀、尿、腹痛、不良，甚至胸闷、呼吸急促等症状，此时需要静脉补液，甚至住院治疗。血栓形成或肾功能衰竭可能发生在不到1%的人身上。
2.促排卵造成的副损伤
①膀胱损伤，患者可出现血尿，通常通过留置尿管，膀胱冲洗，可达到止血的目的。②偶尔穿刺肠管或盆腔血管。③卵巢出血：在少数情况下，穿刺卵巢会继续出血，有时甚至需要开腹止血。④盆腔感染
3.卵巢扭转
由于排卵治疗导致多个卵泡生长，或促排卵后形成多个黄体囊肿，使卵巢显著增大，当妇女过度活动或改变姿势过快时，会导致卵巢扭转。患者会出现突然的严重腹痛，可能伴有恶心、呕吐，如果扭转的卵巢不能及时复位，可能需要手术治疗，严重的坏死卵巢需要手术切除。
4.多胎妊娠
由于将多个胚胎移植到子宫，IVF技术引起的多胎妊娠率明显高于自然妊娠，约为25～30%左右。妊娠晚期流产和早产的风险明显高于单胎妊娠，妊娠期糖尿病、妊娠期高血压、难产和产后出血的风险明显增加。因此，多胎妊娠对母亲和儿童都有害。为了降低多胎妊娠率，许多IVF中心开始减少胚胎移植的数量，或进行单胚胎移植。对于三胎或三胎以上的孕妇，必须减胎，而对于双胎孕妇，建议患者减胎。
5.宫外孕
宫外孕的发生率一般为1%～2.5%。虽然IVF将胚胎移植到子宫，但由于输卵管趋化因子对胚胎的影响，胚胎会游到输卵管，植入和发育输卵管，导致异位妊娠。有时胚胎会种植在宫颈和其他部位。因此，接受IVF治疗并不能预防异位妊娠的发生。相反，接受IVF治疗的妇女异位妊娠的发生率高于普通人，为2%～4%。
IVF技术产生的后代的安全性。