三代试管婴儿会有宫外孕的可能性,不能完全排除。宫外孕也被称为移植后妊娠(ectopic pregnancy),它指的是受精卵植入(implantation)到不正确或不正常的位置,例如输卵管而引起的妊娠。宫外孕危害极高,当输卵管承受不良侵袭时,可能会发生破裂,因而对自己体内的死亡造成极大的危险。 如果宫外孕的出现与试管婴儿有关,那么它很可能是由于术式问题造成的,也有可能是受精卵植入的结果。虽然宫外孕与试管婴儿处理相关联的可能性存在,但事实上该概率是非常小的。健康的自己体内和好的技术,更重要的是以安全稳定的环境为基础,很多宫外孕都可以成功避免。在三代试管婴儿保守纠正的有效安全措施下,患些出现异位妊娠的例子也会被越来越少。但总的来说,宫外孕仍然是有可能发生的,如果母亲有这方面的担忧,可以向医生询问情况,以便采取预防措施。
三代试管婴儿会有宫外孕的可能性,但是概率很小。宫外孕的发生,受到很多因素的影响,包括受精后的胚胎形态及其细胞增殖速度、胚胎质量及其行为、子宫环境、人工授精技术及植入技术等等。

因此三代试管婴儿有宫外孕几率也较小。如果有宫外孕的可能性,则由受精胚胎转移到另一处位置发育。一般情况下,人类的社会实践和技术发展,准确地控制和监测植入时机,有助于避免宫外孕的出现。
然而就算使用比较高科学技术,结合合理的医疗行为,三代试管婴儿仍然会出现宫外孕的可能性,这是因为孕妇可能存在多囊卵巢、某些情况下可能会出现受精胚胎晚期转移、以及子宫不良发育等原因。所以很难通过只使用比较高科学技术来避免宫外孕的发生。