囊胚移植可能会导致多重妊娠。由于卵子和胚胎都放置在体外，患者可能会接受多个胚胎植入，这可能会造成双胎或三胎妊娠。其次囊胚移植技术非常复杂，可能会导致失败。囊胚移植可能会受到炎症和免疫反应的影响，从而影响受精的成功率。此外囊胚移植可能会导致胎儿发育问题，这可能会影响胎儿的健康。