试管成功后剩下的囊胚通常有两种处理方式，一是选择在医院将剩余的囊胚进行保存，存置在零下196℃的液氮中，如果以后有生育需求则不必反复进行排卵，下一次可以借助提前保存好的胚胎再次移植，避免了多次促排卵的痛苦和巨大的费用，并且保存胚胎已经广泛应用于临床。

除了保存剩余的胚胎外，如果夫妻没有再生育需求，那么医院会将剩余的胚胎销毁处理，但一般更建议将胚胎保存，现阶段保存胚胎作为目前保存生育功能的方法已经比较成熟，可以保存20年甚至更长时间，据临床数据显示，仍然有胚胎保存16-18年后，唤醒、移植并顺利分娩的情况，除此之外夫妻还可以选择这些方式处理剩下的胚胎：

    1. 试管剩余的胚胎夫妻可以选择保存在医院，但需要缴纳保存费用，通常一年在1千到2千元左右；2. 保存胚胎后可以避免日后胎儿出现问题，或夫妻有多胎、三胎需求，如果需要再次进行试管，那么可以直接移植保存的胚胎，节省时间和费用；3. 如果夫妻放弃保存胚胎，那么医院会按照相关规定，将胚胎按照生物学垃圾销毁处理，还需要夫妻到医院当面签署胚胎销毁同意书；4. 试管夫妻还可以将剩余的胚胎，无偿给相关机构进行科学研究，同样也需要先到医院签署放弃胚胎的书面申请书。

医院最多可以为试管患者保存胚胎6个月，如果迟迟未能决定剩余胚胎的处理方法，超过期限后，患者没有提出任何新的要求，那么医院则会将胚胎进行销毁，现在也有很多试管夫妇在成功后就与医院失去了联系，医院也只能按照相关规定，将胚胎废弃，但更建议夫妇保存好剩余胚胎，以备不时之需。