新址位于北京市海淀区花园北路49号,其生殖中心由于扩建进行了迁移,新中心位于北医三院西部,距离北医三院门诊楼约400米处,外地就医的患者到达火车站后,通过乘坐公交或者地铁都能直接到达。
新址的生殖中心内包括生殖专家门诊、普通门诊,生殖中心病案室,生殖妇科门诊手术室,人工授精(IVI和AID)手术室,取血室,注射室,遗传实验室(染色体检查),精液化验室,挂号处、收费处、药房等,可通过以下交通方式到达北医三院生殖中心。

北京大学第三医院的生殖医学中心已经成为亚洲最大的生殖医学中心之一,年门诊量约17万人次,年试管婴儿病人收治容量可达5000人,其不孕症诊断治疗水平处于国内领先,达到国际先进水平。基本上北医三院看病的人有很多,所以如果需要到北医三院就医的患者,建议先提前在网络上进行预约挂号,这要就可以减少就医的等待时间。