试管婴儿二超胎停的原因有很多,但最常见的是来源于内因,比如胚胎缺乏基因多样性,因此无法正常发育,就更容易形成二超胎。特别是当意外发现胚胎有体内畸形时,急迫要作出削弱内因的改变,二超胎也许就是最终的结果。此外外因也可能导致二超胎停片,例如母亲药物滥用,或由于治疗药物使由本身变得异常,这可能会引起多个卵巢释放卵子以及不完整的胚胎发育,从而导致出现二超胎。另外一些宫内疾病,如子宫肌瘤,卵巢囊肿或子宫内膜异位症等,也会加重二超胎的概率。
试管婴儿二超胎停的原因是多方面的,大多都不能归结为一个单独的原因。

一是质量问题。由于解析出的受精卵多半是健康胚胎,但在植入胚胎前,医生在多次检测中发现某些胚胎活动很弱或细胞发育不良,很少有胚胎能存活到孕上期,这是造成胎停的常见原因。
二是身体问题。在试管婴儿的过程中,受精卵被移植入宫腔后,宫腔内外的环境变化会影响受精卵的存活情况,有些孕妇出现异常甚至抗胎抗生等现象,这些都是导致胎停的原因。
三是技术原因。试管婴儿是一项技术活动,很多病人在促排胚胎期间方便出问题,也可能导致胎停。